Die MS-SQL Datenbank bildet die Hauptkomponente des GDPdU-Warehouse. Sie dient zur Archivierung bzw. Aufbewahrung der steuerlich relevanten Daten aus produktiven und/oder Alt-Systemen (siehe auch Einsatz-Szenarios), nachdem diese extrahiert worden sind. Dabei werden die Daten in den originalen Tabellen-Strukturen der Ursprungssysteme abgelegt, allerdings mit angepassten Datenformaten, die dem offiziellen Beschreibungsstandard der Finanzverwaltung entsprechen. Diese Ablagestruktur ermöglicht die einfache Nachbildung von Auswertungen und Berichten, die mit den Auswertungen des Ursprungssystems identisch sind. Als Datenbanksystem wird der weit verbreitete Microsoft SQL-Server 2005 verwendet. Mit Hilfe der Reporting Services können die steuerlich relevanten Informationen dem Betriebsprüfer so zur Verfügung gestellt werden, wie dies auch im Ursprungssystem möglich wäre. Die Reporting Services ermöglichen es, Berichte und Auswertungen so zu gestalten, dass sie den originalen Vorlagen eines Alt-Systems oder eines produktiven Systems entsprechen. Durch die Reporting Services werden die gesetzlich geforderten Zugriffsmethoden (Z1 und Z2) realisiert.